确定开票内容为运输费，税率通常为1%或3%，但根据双方是否为一般纳税人，可以选择开具普通发票或专用发票。

如果运输单位是自开票纳税人，则自行开具运输业统一发票。自开票纳税人是指那些符合特定条件并向主管地方税务局申请领购发票的纳税人。

对于非自开票纳税人，可以向主管地方税务局或经批准的中介机构申请代开发票。

在开具发票时，建议在备注栏填写货物名称、运输起止地及车牌号。还可以根据需要添加车辆类型等信息。

通过电子税务局或相关开票系统进行操作。登录系统后，选择相应的票类（普通发票或专用发票），输入公司名称、信用代码、项目名称、数量和金额等信息。

根据实际运输情况，填写运输工具种类、车牌号、起运地、到达地和货物名称等特定信息。

预览并确认发票信息无误后，点击开具发票。

此外，在开具发票时，还需遵守《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规。